Algemeen geldt dat het gebruik van L-glutamine veilig is. Doseringen van 20 tot 30 gram in een keer werden door gezonde volwassenen zonder bijwerkingen verdragen en onderzoek toont dat atleten die gedurende 14 dagen dagelijks 28 gram glutamine innamen geen enkel negatief effect ondervonden. Gezien het effect van glutaminesuppletie op de insulinesecretie is voorzichtigheid geboden bij personen die diabetesmedicatie gebruiken.
Ervaring heeft uitgewezen dat sommige mensen kennelijk overgevoelig zijn voor monosodium glutamaat (MSG, E621), het natriumzout van glutaminezuur dat als smaakversterker in veel kant-en-klare soepen, sauzen en maaltijden wordt gebruikt. Hoofdpijn, misselijkheid, duizeligheid, hartkloppingen, koud zweet, buikpijn, roodheid en andere symptomen kunnen voorkomen. Mogelijk zouden zij ook op suppletie met L-glutamine kunnen reageren.