Om effectief te kunnen zijn dient een probioticum per dosis toch minstens enkele miljarden bacteriekiemen te bevatten. Dit omdat er altijd een deel van de bacteriën sneuvelt voordat ze in de darm terechtkomen.
Over het beste moment van inname van probiotica bestaan verschillende opvattingen. In principe overleven de meeste bacteriën als ze weinig maagzuur, verteringsenzymen en gal tegenkomen én wanneer ze niet te lang in het maagmilieu moeten verblijven. Het transport door de maag vindt relatief het snelst plaats wanneer de maag leeg is. Van een glas water vermengd met een probioticum dat op lege maag is ingenomen, wordt iedere 10 minuten de helft van de maaginhoud in het darmkanaal geleegd. Na een half uur is dan 87,5 % van de ingenomen bacteriestammen al in de darm aanwezig. Maar ook de zuurgraad (pH) van de maagvloeistof bepaalt in sterke mate de overleving van de bacteriestammen in de maag. De pH van de maag is het hoogst ‘s morgens voor het ontbijt, ‘s avonds voor het slapen gaan en tijdens de maaltijden (pH >4). Tussen de maaltijden door kan de pH dalen tot beneden de 3.
Inname van probiotica is qua zuurgraad het gunstigst op een lege maag ‘s morgens voor het ontbijt, ‘s avonds voor het slapen gaan of bij de maaltijden. Bij de maaltijd is echter de maagpassage een stuk trager en zijn er ook meer gal en verteringsenzymen aanwezig, vooral wanneer de maaltijd veel vet en/of eiwit bevat.
Het is aan te raden probiotica verspreid over de dag in te nemen, vooral in het begin in verband met mogelijke bijwerkingen als gasvorming en kramp. Ieder probioticum heeft zijn eigen specifiek karakter. Afhankelijk van de bacteriestammen in de probiotia is het aan te raden om de probiotica regelmatig te gebruiken om uitspoeling te voorkomen.
Voedingsvezels hebben eveneens een gunstig effect op de darmflora en met name op de Bifidobacteriën in de dikke darm. Het gebruik van een vezelrijke voeding werkt daarom ondersteunend bij het gebruik van probiotica. Probiotica zelf werken synergistisch bij alle orthomoleculaire therapieën, omdat een goede darmflora de absorptie van de orthomoleculaire nutriënten duidelijk verbetert. Omgekeerd kunnen therapeutische hoeveelheden zink de koloniseerbaarheid verbeteren.